С целью повышения надежности работы оборудования и обеспечения безопасности гидротехнических сооружений на Зейской ГЭС в соответствии с технической политикой ОАО «РусГидро» реализуется  Программа комплексной модернизации (ПКМ) на 2011-2021 годы.

В процессе капитального ремонта гидроагрегата №5 (225 МВт) проводятся масштабные работы по комплексному техперевооружению устройств релейной защиты и автоматики, замене генераторного выключателя на элегазовое генераторное распределительное устройство. Применение современной микропроцессорной техники позволит эксплуатировать оборудование на более высоком уровне, значительно снизит риск сбоев в работе основного оборудования и недоотпуска электроэнергии.

В этом году впервые за весь срок эксплуатации Зейской ГЭС начата реконструкция основания водораздельной и подпорной стенок в нижнем бьефе гидроузла. К реализации проекта привлечены высококвалифицированные специалисты по производству подводно-технических, буровых, свайных и строительно-монтажных работ.

На станции реализован проект реконструкции системы электропитания козлового крана 400РФ грузоподъемностью до 180 тонн, установленного на гребне плотины и предназначенного для снятия и установки сороудерживающих решеток, аварийно-ремонтных затворов гидроагрегатов ГЭС и проведения других работ по подъёму и перемещению грузов.

Для осуществления дистанционного контроля параметров на одном из крупных притоках Зейского водохранилища реке Гилюй создана система гидрологического мониторинга, предназначенная для  сбора данных  о расходах и уровне воды, температуре воздуха, о количестве осадков и высоте снежного покрова, а также обеспечивающая хранение и обработку информации и визуализацию обработанных данных. Оперативные данные, зафиксированные системой гидромониторинга, являются одной из основ для   обеспечения безопасности пропуска паводков через плотину Зейской ГЭС, своевременного информирования населения о возможности возникновения чрезвычайных ситуаций, например, при резких подъемах уровня воды, высоких дождевых паводках.